[not solved but managed] Problem z instalacją pakietu R

[rosomak]

Hello,
Instalacja gentoo od zera. Płytka CD, stage3, postępowanie książkowe, wszystko według aktualnego (angielskojęzycznego na dzień instalacji) manuala. Potem update, na wszelki wypadek emerge -e system/world, doinstalowane X, mc, ntfs3g, potem instaluję KDE poprzez emerge kde-meta. Ściąga mi między innymi pakiet R. Na nim wszystko się kładzie i zaczynają się schody:

*** caught segfault ***
address 0x75726c75, cause 'memory not mapped'

Traceback:
1: strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
2: eval(expr, envir, enclos)
3: eval(quote({ .leap.seconds <- c("1972-6-30", "1972-12-31", "1973-12-31", "1974-12-31", "1975-12-31", "1976-12-31", "1977-12-31", "1978-12-31", "1979-12-31", "1981-6-30", "1982-6-30", "1983-6-30", "1985-6-30", "1987-12-31", "1989-12-31", "1990-12-31", "1992-6-30", "1993-6-30", "1994-6-30", "1995-12-31", "1997-6-30", "1998-12-31", "2005-12-31", "2008-12-31") .leap.seconds <- strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S") c(as.POSIXct(.leap.seconds, "GMT"))}), new.env())
4: eval(expr, envir, enclos)
5: eval(expr, p)
6: eval.parent(substitute(eval(quote(expr), envir)))
7: local({ .leap.seconds <- c("1972-6-30", "1972-12-31", "1973-12-31", "1974-12-31", "1975-12-31", "1976-12-31", "1977-12-31", "1978-12-31", "1979-12-31", "1981-6-30", "1982-6-30", "1983-6-30", "1985-6-30", "1987-12-31", "1989-12-31", "1990-12-31", "1992-6-30", "1993-6-30", "1994-6-30", "1995-12-31", "1997-6-30", "1998-12-31", "2005-12-31", "2008-12-31") .leap.seconds <- strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S") c(as.POSIXct(.leap.seconds, "GMT"))})
aborting ...
/bin/sh: line 1: 15739 Done echo "tools:::.install_package_description('.', '"../../../library/tools"')"
15740 Naruszenie ochrony pamięci | R_DEFAULT_PACKAGES=NULL ../../../bin/R --vanilla --slave > /dev/null
make[3]: *** [all] Błąd 139
make[3]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/work/R-2.15.0/src/library/tools'
make[2]: *** [R] Błąd 1
make[2]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/work/R-2.15.0/src/library'
make[1]: *** [R] Błąd 1
make[1]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/work/R-2.15.0/src'
make: *** [R] Błąd 1
[31;01m*[0m ERROR: dev-lang/R-2.15.0 failed (compile phase):
[31;01m*[0m emake failed
[31;01m*[0m
[31;01m*[0m If you need support, post the output of `emerge --info '=dev-lang/R-2.15.0'`,
[31;01m*[0m the complete build log and the output of `emerge -pqv '=dev-lang/R-2.15.0'`.
[31;01m*[0m The complete build log is located at '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/temp/build.log'.
[31;01m*[0m The ebuild environment file is located at '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/temp/environment'.
[31;01m*[0m Working directory: '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/work/R-2.15.0'
[31;01m*[0m S: '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.15.0/work/R-2.15.0'

ebuild:

Portage 2.1.10.62 (default/linux/x86/10.0/desktop/kde, gcc-4.5.3, glibc-2.15-r1, 3.2.12-gentoo i686)
=================================================================
System Settings
=================================================================
System uname: Linux-3.2.12-gentoo-i686-Intel-R-_Core-TM-2_Duo_CPU_T5550_@_1.83GHz-with-gentoo-2.1
Timestamp of tree: Thu, 17 May 2012 07:15:01 +0000
app-shells/bash: 4.2_p28
dev-lang/python: 2.7.3-r2, 3.2.3-r1
dev-util/cmake: 2.8.8-r2
dev-util/pkgconfig: 0.26
sys-apps/baselayout: 2.1-r1
sys-apps/openrc: 0.9.9.3
sys-apps/sandbox: 2.5
sys-devel/autoconf: 2.69
sys-devel/automake: 1.11.5
sys-devel/binutils: 2.22-r1
sys-devel/gcc: 4.5.3-r2
sys-devel/gcc-config: 1.7.1
sys-devel/libtool: 2.4.2
sys-devel/make: 3.82-r3
sys-kernel/linux-headers: 3.3 (virtual/os-headers)
sys-libs/glibc: 2.15-r1
Repositories: gentoo
ACCEPT_KEYWORDS="x86 ~x86"
ACCEPT_LICENSE="* -@EULA"
CBUILD="i686-pc-linux-gnu"
CFLAGS="-O2 -march=core2 -pipe -fomit-frame-pointer"
CHOST="i686-pc-linux-gnu"
CONFIG_PROTECT="/etc /usr/share/config /usr/share/gnupg/qualified.txt"
CONFIG_PROTECT_MASK="/etc/ca-certificates.conf /etc/env.d /etc/fonts/fonts.conf /etc/gconf /etc/gentoo-release /etc/revdep-rebuild /etc/sandbox.d /etc/terminfo"
CXXFLAGS="-O2 -march=core2 -pipe -fomit-frame-pointer"
DISTDIR="/usr/portage/distfiles"
FEATURES="assume-digests binpkg-logs config-protect-if-modified distlocks ebuild-locks fixlafiles news parallel-fetch parse-eapi-ebuild-head protect-owned sandbox sfperms strict unknown-features-warn unmerge-logs unmerge-orphans userfetch"
FFLAGS=""
GENTOO_MIRRORS="http://gentoo.prz.rzeszow.pl http://gentoo.po.opole.pl http://ftp.vectranet.pl/gentoo/ http://gentoo.mirror.pw.edu.pl/"
LANG="pl_PL.UTF-8"
LDFLAGS="-Wl,-O1 -Wl,--as-needed"
LINGUAS="pl en de fr"
MAKEOPTS="-j3"
PKGDIR="/usr/portage/packages"
PORTAGE_CONFIGROOT="/"
PORTAGE_RSYNC_OPTS="--recursive --links --safe-links --perms --times --compress --force --whole-file --delete --stats --human-readable --timeout=180 --exclude=/distfiles --exclude=/local --exclude=/packages"
PORTAGE_TMPDIR="/var/tmp"
PORTDIR="/usr/portage"
PORTDIR_OVERLAY=""
SYNC="rsync://rsync.pl.gentoo.org/gentoo-portage"
USE="X a52 aac acl acpi alsa apng berkdb bluetooth branding bzip2 cairo cdda cdr cli consolekit cracklib crypt cups cxx dbus declarative dmx dri dts dvd dvdr emboss encode exif fam firefox flac fortran gdbm gif gpm gtk gudev hal iconv jpeg kde kdepim kdrive kipi lcms ldap libkms libnotify mad mikmod minizip mng modules mp3 mp4 mpeg mudflap mysql ncurses nls nptl nptlonly ogg opengl openmp pam pango pcre pdf phonon plasma png policykit ppds pppd python qt3support qt4 readline sdl semantic-desktop session spell sql ssl startup-notification svg tcpd tiff truetype tslib udev udisks unicode upower usb vorbis webkit wxwidgets x264 x86 xcb xcomposite xinerama xml xorg xscreensaver xulrunner xv xvid zlib" ALSA_CARDS="ali5451 als4000 atiixp atiixp-modem bt87x ca0106 cmipci emu10k1 emu10k1x ens1370 ens1371 es1938 es1968 fm801 hda-intel intel8x0 intel8x0m maestro3 trident usb-audio via82xx via82xx-modem ymfpci" ALSA_PCM_PLUGINS="adpcm alaw asym copy dmix dshare dsnoop empty extplug file hooks iec958 ioplug ladspa lfloat linear meter mmap_emul mulaw multi null plug rate route share shm softvol" APACHE2_MODULES="actions alias auth_basic authn_alias authn_anon authn_dbm authn_default authn_file authz_dbm authz_default authz_groupfile authz_host authz_owner authz_user autoindex cache cgi cgid dav dav_fs dav_lock deflate dir disk_cache env expires ext_filter file_cache filter headers include info log_config logio mem_cache mime mime_magic negotiation rewrite setenvif speling status unique_id userdir usertrack vhost_alias" CALLIGRA_FEATURES="kexi words flow plan sheets stage tables krita karbon braindump" CAMERAS="ptp2" COLLECTD_PLUGINS="df interface irq load memory rrdtool swap syslog" ELIBC="glibc" GPSD_PROTOCOLS="ashtech aivdm earthmate evermore fv18 garmin garmintxt gpsclock itrax mtk3301 nmea ntrip navcom oceanserver oldstyle oncore rtcm104v2 rtcm104v3 sirf superstar2 timing tsip tripmate tnt ubx" INPUT_DEVICES="keyboard mouse evdev" KERNEL="linux" LCD_DEVICES="bayrad cfontz cfontz633 glk hd44780 lb216 lcdm001 mtxorb ncurses text" LIBREOFFICE_EXTENSIONS="presenter-console presenter-minimizer" LINGUAS="pl en de fr" PHP_TARGETS="php5-3" PYTHON_TARGETS="python3_2 python2_7" RUBY_TARGETS="ruby18" USERLAND="GNU" VIDEO_CARDS="intel" XTABLES_ADDONS="quota2 psd pknock lscan length2 ipv4options ipset ipp2p iface geoip fuzzy condition tee tarpit sysrq steal rawnat logmark ipmark dhcpmac delude chaos account"
Unset: CPPFLAGS, CTARGET, EMERGE_DEFAULT_OPTS, INSTALL_MASK, LC_ALL, PORTAGE_BUNZIP2_COMMAND, PORTAGE_COMPRESS, PORTAGE_COMPRESS_FLAGS, PORTAGE_RSYNC_EXTRA_OPTS, USE_PYTHON

Tutaj jest wersja z ~x86, ale dla x86 miałem to samo (próbowałem kilku instalacji, z różnymi ustawieniami w make.conf):

*** caught segfault ***
address 0x6f78206c, cause 'memory not mapped'

Traceback:
1: strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S")
2: eval(expr, envir, enclos)
3: eval(quote({ .leap.seconds <- c("1972-6-30", "1972-12-31", "1973-12-31", "1974-12-31", "1975-12-31", "1976-12-31", "1977-12-31", "1978-12-31", "1979-12-31", "1981-6-30", "1982-6-30", "1983-6-30", "1985-6-30", "1987-12-31", "1989-12-31", "1990-12-31", "1992-6-30", "1993-6-30", "1994-6-30", "1995-12-31", "1997-6-30", "1998-12-31", "2005-12-31", "2008-12-31") .leap.seconds <- strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S") c(as.POSIXct(.leap.seconds, "GMT"))}), new.env())
4: eval(expr, envir, enclos)
5: eval(expr, p)
6: eval.parent(substitute(eval(quote(expr), envir)))
7: local({ .leap.seconds <- c("1972-6-30", "1972-12-31", "1973-12-31", "1974-12-31", "1975-12-31", "1976-12-31", "1977-12-31", "1978-12-31", "1979-12-31", "1981-6-30", "1982-6-30", "1983-6-30", "1985-6-30", "1987-12-31", "1989-12-31", "1990-12-31", "1992-6-30", "1993-6-30", "1994-6-30", "1995-12-31", "1997-6-30", "1998-12-31", "2005-12-31", "2008-12-31") .leap.seconds <- strptime(paste(.leap.seconds, "23:59:60"), "%Y-%m-%d %H:%M:%S") c(as.POSIXct(.leap.seconds, "GMT"))})
aborting ...
/bin/sh: line 1: 18310 Done cat ./makebasedb.R
18311 Naruszenie ochrony pamięci | R_DEFAULT_PACKAGES=NULL LC_ALL=C ../../../bin/R --vanilla --slave > /dev/null
make[3]: *** [all] Błąd 139
make[3]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/work/R-2.10.1/src/library/base'
make[2]: *** [R] Błąd 1
make[2]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/work/R-2.10.1/src/library'
make[1]: *** [R] Błąd 1
make[1]: Opuszczenie katalogu `/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/work/R-2.10.1/src'
make: *** [R] Błąd 1
emake failed
[31;01m*[0m ERROR: dev-lang/R-2.10.1 failed (compile phase):
[31;01m*[0m emake failed
[31;01m*[0m
[31;01m*[0m Call stack:
[31;01m*[0m ebuild.sh, line 85: Called src_compile
[31;01m*[0m environment, line 2422: Called die
[31;01m*[0m The specific snippet of code:
[31;01m*[0m emake || die "emake failed";
[31;01m*[0m
[31;01m*[0m If you need support, post the output of 'emerge --info =dev-lang/R-2.10.1',
[31;01m*[0m the complete build log and the output of 'emerge -pqv =dev-lang/R-2.10.1'.
[31;01m*[0m The complete build log is located at '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/temp/build.log'.
[31;01m*[0m The ebuild environment file is located at '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/temp/environment'.
[31;01m*[0m S: '/var/tmp/portage/dev-lang/R-2.10.1/work/R-2.10.1'

Co ciekawe - w poprzednim życiu (=kiedy miałem poprzednio gentoo, na tym samym laptopie) doinstalowywałem sobie R (chciałem go przetestować), wszystko grało. Co więcej - ja mogę R zainstalować teraz "ręcznie" (z katalogu w którym jest, configure/make/make install), zero problemu, pakiet jest i działa.
Nie mogę tylko go zainstalować poprzez emerge R.

Czuję że robię jakiś głupi błąd, że nie widzę czegoś oczywistego ... Co mi umyka ?

[rosomak]

Przyczyna problemów z postu wyżej - nadal nie wiem. Z samym problemem uporałem się klasycznie po inżyniersku, czyli przez jego obejście.

Po kolei:
Miałem w marcu taki oto mały problem. Z takich i innych różnorakich powodów pojechałem z instalacją od zera. Nowa wypalona płytka, aktualny manual (angielski, podkreślam, polski przy X-ach jest z 2009, miałem tam kilka potknięć i zdecydowałem się korzystać z najnowszego - czyli oryginału), stare konfigi.
Moja kolejność działania:
1. instalacja od zera w/g manuala (początkowo z zachowaniem starego make.conf)
2. doinstalowanie gentoolkit
Potem:
3. emerge -ev system/world
4. update (emerge --deep --update --newuse)

Na starym make.conf system się wykładał. To znaczy: przepisałem make.conf -> wyłożył się w punkcie 1, konkretnie podczas pobierania syslog-ng. (Zwracam uwagę że z dokładnie tym samym plikiem make.conf Gentoo chodziło mi poprzednio co najmniej kilkanaście miesięcy). Kombinowałem, ograniczałem liczbę flag USE, w końcu przepisałem make.conf od nowa przeglądając jeszcze raz flagi.
Sporo się zmieniło przez te kilka lat od czasu kiedy ostatnio instalowałem system od zera
W końcu zmieniłem również ~x86 na x86.
W pewnym momencie wszystko zaczęło grać. Wyłożyłem się znowu na instalacji kde-meta - o czym jest we wpisie wyżej. Szukałem rozwiązania - nie wiedziałem o co chodzi.
W końcu zainstalowałem jeszcze raz system, od nowa, tym razem tylko z flagami USE wspomnianymi w manualu. Rygorystycznie przestrzegając zasady - podczas doinstalowywania pakietów dodawałem flagę tylko wtedy jeżeli była zgłaszana taka potrzeba.

Flagi USE z make.conf z poprzedniego życia (podaję tylko je, bo pozostałe zmiany wynikały albo z unowocześnienia się Gentoo, np. INPUTDEVICES, albo z moich sprawdzianów - ACCEPTED_KEYWORDS)

Wersja wykładająca się podczas pobierania dużej ilości pakietów podczas wykonywania polecenia emerge syslog-ng

NOTUSE="-dso -dhcpcd -static -gnutls -threads"
SYSTEMFLAGS="ares cups corefonts dbus fam fts3 hal notify startup-notification truetype udev xulrunner"
GENERAL="bzip2 cdda consolekit declarative encode embedded expat extras fat gmp gudev hwdb idn java kerberos ldap minizip mysql mng nautilus ntfs"
ADMIRAL="perl policykit private-headers python ruby ruby_targets_ruby19 quvi sql sqlite spell ssh static-libs symlink webkit xml"
IMAGEUSE="jpeg gif pdf png svg tiff truetype"
MEDIAUSE="aac alsa asf cdparanoia cdr dvd gstreamer mad mp3 mp4 mpeg nsplugin ogg pulseaudio real sdl win32codecs x264 xvid"
XUSE="aiglx apng new-login opengl X xcomposite xinerama xorg xv"
KDEUSE="arts kde kdepim plasma qt3support qt4 semantic-desktop subversion reports"
GNOMEUSE="bluetooth bonobo cairo device-mapper gdu glitz gnome gtk gtk3 introspection python vorbis xcb"
XFLAGS="classic gallium nptl pango xvfb"
NETWORKMANAGER="dhclient nss libflashsupport libgadu"
USE="${NOTUSE} ${SYSTEMFLAGS} ${GENERAL} ${ADMIRAL} ${IMAGEUSE} ${MEDIAUSE} ${XUSE} ${KDEUSE} ${GNOMEUSE} ${XFLAGS} ${NETWORKMANAGER}"

Wersja z kłopotami z kde-meta

NOTUSE="-debug -ipv6" // również colord i dso pojawiało się w tej linii
AE="a52 aac acpi alsa apng branding cairo cdr consolekit cracklib dbus declarative dmx dts dvd dvdr emboss encode exif"
FN="fam firefox flac gif gpm gtk gudev hal jpeg kde kdepim kdrive lcms ldap libkms libnotify mad mikmod mng mp3 mp4 mpeg mysql nptl nptlonly"
OS="ogg opengl pango pdf png policykit ppds python qt3support qt4 sdl semantic-desktop spell sql startup-notification svg"
TZ="tiff truetype tslib vorbis unicode usb udev webkit X xcb x264 xml xorg xulrunner xv xvid"
USE="${NOTUSE} ${AE} ${FN} ${OS} ${TZ}"

Wersja aktualna

NOTUSE="-debug -dso"
AE="alsa branding cdr consolekit declarative dbus dvd embedded"
FN="kde kdepim gtk gnome minizip mysql"
OS="perl policykit qt4 semantic-desktop sql sqlite subversion"
TZ="threads tk udev webkit X"
USE="${NOTUSE} ${AE} ${FN} ${OS} ${TZ}"

Wniosek (absolutnie prywatny, bez roszczenia sobie pretensji do generalizowania): na czas instalacji warto zapomnieć o przyzwyczajeniach zebranych podczas pracy z systemem, schować dumę do kieszeni i potraktować siebie samego jak świeżynka

Pozdrawiam wszystkich

[spinerr]

*** caught segfault ***
>memory not mapped'
>Naruszenie ochrony pamięci


Na 90% coś nie tak z pamięcią. Spróbuj zrobić memtesta, zmniejsz timingi pamięci w Biosie, albo popróbuj z wyjętymi kośćmi pamięci. Masz tam Windowsa? czy wyskakiwał czasem bez większego powodu BSOD z takimi właśnie napisami? Windows od razu pada gdy jest "protection fault", w linuksie można nie zauważyć

[rosomak]

*** caught segfault ***
>memory not mapped'
>Naruszenie ochrony pamięci


Na 90% coś nie tak z pamięcią. Spróbuj zrobić memtesta, zmniejsz timingi pamięci w Biosie, albo popróbuj z wyjętymi kośćmi pamięci. Masz tam Windowsa? czy wyskakiwał czasem bez większego powodu BSOD z takimi właśnie napisami? Windows od razu pada gdy jest "protection fault", w linuksie można nie zauważyć

No właśnie ja podejrzewam że to nie to rozwiązanie. Na 90% z pamięcią wszystko ok. Win 7 (aktualnie, na swojej partycji) chodzi bezproblemowo, wrzucałem też Windowsowy Server 2008R2 i ósemkę (bawiłem się możliwościami stwarzanymi przez virtual hd), pamięć testowałem.

Robiłem najpierw lokalizację a potem emerge pakietów - i moje podejrzenia zaczęły iść w kierunku lokalizacji, google pisał o czymś podobnym przy problemach z pakietem R (choć w innym zupełnie kontekście). Choć - ten sam pakiet uruchomiony ręcznie, nie poprzez emerge instalował się bezproblemowo ...

Jak pisałem - pomogło kolejne radykalne ograniczenie flag.