Nic nie stoi na przeszkodzie, abyć na /var/tmp/portage przeznaczył osobną partycję na drugim dysku (w fstab) postawioną na czymś szybkim (np. reiser4).
Ale żeby wykorzystać dwa dyski jednocześnie w jednej lokalizacji, to musiałbyś uzyć np. LVM (mieć logiczny wolumin na dwóch dyskach) przy czym nie masz żadnej gwarancji, że LVM Ci faktycznie wykorzysta oba dyski. Dlatego pierwsze rozwiązanie jest IMHO duzo lepsze.
A co do wykorzystania dysków
versus procesora to raczej nie tak. Na początku i kończu trochę dysk mieli, ale większość czasu zajmuje jednak sama kompilacja (chyba że masz jakiś masakryczny procesor 10GHz

)