To nie w Gentoo, tylko w Linuxie, w Debianie jest to samo.
Po prostu ciemnoniebieski i granatowy to zimne kolory, które na czarnym tle zawsze słabo widać,
bo dają zbyt mały kontrast z czernią.Nie bez powodu kolory dzieli się na ciepłe i zimne, a ten problem który opisałeś jest obecny nie tylko na linuksowej konsoli, ale również w Photoshopie.
Zresztą zobacz w Gimpie, jak wygląda ciemnoniebieski na czarnym tle.
Tylko pamiętaj, że na konsoli masz 16 barw tekstu (chyba, że coś korzysta z SVGA, Framebuffera albo Ncurses, ale to rzadkie przypadki), a w Xorgu tylko 16,7 mln.
Co do zmiany, to pewnie się da, ale prawdopodobnie w każdym programie, który coś wyświetla na konsolę, musiałbyś kombinować osobno.
PS:
Widziałeś kiedyś ciemnoniebieską żarówkę? np na choince?
Czym się różni od zielonej, czerwonej czy żółtej, zwłaszcza w ciemnym pomieszczeniu?
Pozdro
