Mogło być tak, że instalowałeś jakiś pakiet xxx (który został dodany do world), który miał w zależnościach twój pakiet foo (który nie został dodany do world). Często korzystałeś z tego foo i wszystko było ok. Pewnego dnia usunąłeś pakiet xxx, ale foo został. Teraz emerge --depclean nie znalazł nic, co wymaga pakietu foo oraz nie ma samego foo w world więc dochodzi do wniosku, że foo jest niepotrzebny. I pernamentnie próbuje go usunąć. Ale...
Gdybyś czytał uważnie komunikat wyświetlany przez --depclean to doczytałbyś informacji o czymś takim jak
co powinno być lekarstwem na twoje bolączki. Zresztą ten temat był już na forum poruszany.