Super, das wars!
Ich hab letztlich das Kommando
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ffmpeg -f x11grab -r 60 -s 50x50 -i :0.0+615,487 -t 5 -vcodec libx264 -vpre lossless_ultrafast -threads 0 output.mkv
verwendet.
-r 60 -> In meinem Fall die Refreshrate des Monitors (60Hz), d.h. jeder einzelne Frame wird aufgenommen.
-s 50x50 -> Größe des Aufnahmefensters -> 50x50 Pixel
-i:0.0+615,487 -> Display 0.0, Aufnahmefenster wird an Position [x=615,y=487] verschoben
-t 5 -> Aufnahme für exakt 5 Sekunden
die restlichen Optionen hab ich einfach von Dorsai!s Link übernommen, ich weiß nicht ob die notwendig sind. Als ich versucht hab, den kompletten Monitor (1280x1024) aufzunehmen, wurden wieder Frames übersprungen, d.h. die Beschränkung auf einen Aufnahmebereich war wichtig.